表題の通りです。
S/MIMEはPKIを利用して、認証と暗号化をやっていますが、
httpsのときのブラウザと同じく、メーラーにもルートCAの公開鍵はプリインストールされているのでしょうか。

サンダーバードやベッキーなどの有名なメーラーならプリインストールされているのでしょうか。

どなたか、宜しくお願い致します。

その辺はアプリケーションじゃなくてOS側の機能じゃないでしょうか？
Becky!のS/MIMEプラグインの説明を見た限りでは、WindowsのCrypt APIを使ってますね。