タイトルの通り、一問目から躓いてしまいました。
Web系がどうも苦手で、なぜ公式解答のようになるのかがピンと来ていません。
User-Agentはクライアント側（Webブラウザからということでしょうか？）で
自由に設定できると聞きました。それは、curlコマンドを使う方法が該当するのでしょうか。

また、マルウェアが何もしないという前提に立てば、User-Agentのヘッダ値は
「A社で利用しているWebブラウザを示す値」になるのですよね？

User-Agentヘッダフィールドの値がA社で利用しているWebブラウザを示す値であるケース
が公式解答のようですが、マルウェアが賢くなくても（改ざんや証拠隠滅を図らなくても）
A社のPCから外部と通信をしようとする限り、User-Agentヘッダの値は
A社で使用しているWebブラウザを示す値になるのではないのでしょうか？

実際の業務で攻撃と思われる通信を調査することがあります。

User-Agentの値はHTTPサーバのアクセスログに、アクセス元IPアドレス
アクセス先URLなどと一緒に記録されます。

通常のブラウザであれば、
Google Chromeの場合:"Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/99.0.4844.74 Safari/537.36"
のような値が記録されます。
ログを調査する時に、User-Agentが標準的なブラウザの値のログは
一般の通信と判断します。

逆にwgetやcurlといったコマンドの場合や、自作ソフトのUser-Agentの
デフォルトの値は例として、
wget:"Wget/1.17.1 (linux-gnu)"
curl:"curl/7.38.0"
自作ソフト:"空または製作者の任意の値"
になります。User-Agentの値がこれらの場合は、人為的になにかの
意図をもってアクセスしている（良きにしろ、悪きにしろ）と
判断します。

ですが、wgetでもcurlでもオプション設定で自由にUser-Agentの
値を設定して、偽装することができます。この時、標準的なブラウザの
User-Agentの値が設定されていると、ログの解析は困難になります。

最近の攻撃ではUser-Agentが偽装されているケースが大半と思われます。

マルウェアが、Webブラウザを操作してHTTP通信をしていると思っていませんか？
この問題では、マルウェアが自力でHTTP通信をしているのだと思います。

・A社が利用しているWebブラウザによるHTTP通信のUser-Agent文字列
・マルウェアによるHTTP通信のUser-Agent文字列

両者が異なっていたのでプロキシサーバのログで、容易にマルウェアによる通信と判定できたのです。

pixさん、回答ありがとうございます。
A社のPCのマルウェア感染しているのだから、外部への通信には
A社のブラウザおよびソフトを使うと思っていたのですが、
ここが、まず間違いということでしょうか？

>A社のPCのマルウェア感染しているのだから、外部への通信には
>A社のブラウザおよびソフトを使うと思っていたのですが、
>ここが、まず間違いということでしょうか？

はい ここが違います。
A社のソフトを使うのではなく、マルウェア自身がHTTPプロトコルで
外部との通信を試みます。

プログラミング経験があればHTTPプロトコルで通信するプログラムを
作成することは難しくありません。

逆に技術的にはA社のブラウザやソフトを利用することもできなくは
ないですが、技術的にも複雑になるだけで、メリットはないです。

HTTP通信するプログラムを書くのがほんとに簡単なのか？と思うかもしれませんが、ある意味、Cでマルウェア書くとして、windowsでもいまや少なくとも（10の特定バージョンから）curlは入っているから、systemでcurl呼ぶだけでHTTP通信で通信するプログラムを書いたことには出来るんですよね（それで満足するかしないかは別にして）。linuxに潜ませるなら、それこそgnu awkでもHTTP通信できるからそれでもいいです。
まあ、マルウェアを作るくらいCにどっぷり浸かったやつは真面目にゴリゴリかきますけどね。