大きな被害2つ挙げよ、という問題で 公式解答は
「サイトPでポイントが不正に利用される」「サイトQでA百貨商店の商品が不正に購入される」
なのですが
「サイトP,Qに不正ログインされる」「サイトP,Qのアカウント情報を勝手に変更される」というのは別解にはならないのでしょうか？

大きな被害ということなので、別解にはならないと思います。
例えば、家に泥棒が入りました。どのような被害がありますか？  勝手に室内に入られる。家具の配置を変えられる。  は大きな被害とは言えないように
大きな被害は金品が盗まれる。物品を壊されるなどかと

L課長の直前の発言：「サイトＲでは、～、あまり経済的利益を得られないので、
  今回のような被害で済んだ」
下線①：「更に大きな被害」と「更に」と強調されている
とあるので、解答すべきは
・サイトＰ、Ｑでの被害
・経済的・金銭的な被害
・サイトＲで起きた「不正ログイン」「パスワードの不正変更」以上の被害
を踏まえるものと推測されます。

pixさん、「更に大きな被害」ということですから、「不正ログイン」「パスワードの不正変更（アカウント情報の変更も暗に含むニュアンスか）」以上の被害を書け、ということですね。
本番では緊張してそこまで想像力が及ぶかわかりませんが、おかげさまで納得できました。
ありがとうございました。