メールの通信だけを暗号化しているとありますが、ssl通信のことですか?
実際メールは平文で通信のみ暗号化など、どのように実現するのでしょうか?

通信経路は以下のようなプロトコルを利用することで暗号化が可能です。
SMTPS 465/TCP
StartTLS 587/TCP
POP3S 995/TCP

しかしこれらはあくまで通信プロトコルなので、通信経路を暗号化するしかできません。
メールサーバやPC内にメールがファイルとして存在する場合は、平文で保存
されることになります。

そのため、ファイルとして存在するメールを暗号化する手段が必要になります。
本問ではその手段として、S/MIMEの利用を検討しているというシナリオになります。

SMTPSは自分のPCのメーラなど直接接続するメール・サーバ間の通信のみでメール・サーバ間は暗号化されていないのではないでしょうか？

はい。この場合のSMTPSはPC-メールサーバ間の通信の暗号化になります。
メールサーバ-メールサーバ間はそれぞれのメールサーバの設定に依存します。
両方とも暗号化通信に対応していれば、暗号化されます。
そうでない場合は平文で通信することになります。