標題について、解答は「第三者のOTPアプリで不正にOTPを生成される」ですが、解説を読んでもわかったようなわからないようで、すみません、解説いただけますと幸いです。

第三者のOTPアプリで不正にOTPを生成されるのがなぜ問題かというと、本人がOTPを入手できなくなるのが問題ということでしょうか。それとも本人はOTPを入手できるが、第三者も同じOTPを入手できてしまい悪用されるのが問題なのでしょうか。

この問で問われている"問題"が何なのかわかっておらず、これが理解できていない1つの大きな原因だと思っています。

この設問で問われている問題は解答のまま「第三者のOTPアプリで不正にOTPを
生成される。」です。
なぜなら本文中に具体的なことは書かれていないので、それ以上のことは判断
しようがないからです
一般的にはOTPは利用者IDとスマホを結び付けて管理します。
そのため、第三者がOTPアプリを利用する場合、正規の利用者は利用できなくなると
推測されます。

しかしIPAの解答において重要な点が一つあります。
IPAの文章を解釈する際のもっとも基本は「なにも足さない、なにも引かない」と
いうことです。
この設問と解答のように、本文中から導きだせるものが解答であり、それ以外の
ことを想定してはいけないです。
この点がIPAの試験は国語力が必要と言われる最たるものとなっています。

ご回答ありがとうございます。勉強になりました。