答えは「申請する」となってますが、"代理店は申請をしてL社が申請を受けて実施する"ことの記載は問題文のどこにありますでしょうか？
見つけることが出来ず…済みませんがアドバイス頂けますと幸いです。
宜しくお願い致します。

すみませんが、スレ主様がどのレベルでの回答を求めてるのか判断できませんでした。
そのため、こちらで想定したものを回答いたします。

IPAの正答は「端末に発行された証明書の利用停止を申請する。」でした。
これはP10 図1「代表者：・・・代表者は、必要な証明書を発行をL社に
申請する。・・・」という文言を踏まえ、当然の処理として導かれるものと
推測されます。

ありがとうございます！
少し話逸れるのですが、発行は代表者が申請することになっているのに、
失効になるとなぜ代理店が申請することへと変わるのでしょうか？
代表者のが強い権限持ってるはずなので、弱い権限の代理店が
申請してしまって良いものか分からなくて。教えてくださいませ。

>代表者のが強い権限持ってるはずなので、弱い権限の代理店が
>申請してしまって良いものか分からなくて。教えてくださいませ。
すみませんが、代理店が弱い権限というのは読み違いではないでしょうか。
この文脈で代理店とは、代理店の代表者のことと考えられます。
文脈を取り違えていないか、一度確認をお願いします。

申し訳ないです…。
代理店＝担当者と思ってたのですが、代理店＝代表者になるということですね？

>代理店＝担当者と思ってたのですが、代理店＝代表者になるということですね？
はい。その認識でよいかと思われます。

図１ に「代表者：必要な証明書の発行をL社に申請する」とあり
図２ 1(1) に（利用停止申請は）「証明書の利用者である担当者が」とあります

誰でも発行申請ができるとまずいから、発行申請は代表者に限定しているのでしょうね

そもそもの質問の「L社が申請を受けて実施する」ことも
図２ 1(2)に、「受付拒否リストに登録する」って書いてありますけど？

>通りすがりさん
ご指摘頂きありがとうございます。
停止の申請時は図2 1-(2)より代理店の担当者が適切だと思われます。

となるとまた質問が逆戻りしてしまうのですが
>発行は代表者が申請することになっているのに、
>失効になるとなぜ代理店(担当者)が申請することへと変わるのでしょうか？
こちらがまた迷宮入りしてしまいました…(´;ω;`)

発行は、不正に発行されないように代表者が申請する。
利用停止は、証明書のシリアル番号または識別番号が必要であり、
これらは担当者によって管理されているからではないかと想定されます。

深いところまで探求すると、泥沼に足を突っ込んでしまいそうな問題でした。
お二人とも詳しく解説くださり、ありがとうございました！

なんで「ご指摘頂きありがとうございます。」なんだろう
（スレ主さんに対して）間違った書き込みをして申し訳ありませんでした
じゃないのかな