接続端末に関する脆弱性が公表された場合は、速やかにC。

という問題で、
背景としては、あるサーバを協力会社に向けて公開してそれを利用するための規定の一つです。

答えとしては
影響を評価し、必要であれば脆弱性修正プログラムを適用する

ですが、私はJ社(サーバの元の会社)に対して報告し、脆弱性修正を行うとかきました。

これは正解扱いになるのでしょうか？

大変恐縮ですが、IPAの午後問で別解が正解を判断するのは難しいです。
当然ながら、採点基準はIPAしか分からないからです。
ですので午後問を解く際は、いかにIPAの解答に近づけるかを意識してください。